ProDev

Réseau Provençal des Informaticiens Développeurs d'Applications

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ProDev 2014 : 1ère rencontre du réseau des développeurs de Provence


Le réseau régional des développeurs de Provence ProDev, membre du réseau DevLOG, organise sa première demi-journée de présentation du réseau, d'échanges et de discussions autour des formations 2015, de retours d'expériences et de présentations de développements réalisés dans des laboratoires de la région.

Date : 9 décembre 2014
Heure : 13h30 à 17h30
Lieu : Amphithéâtre du CPPM, campus de Luminy à Marseille (plan d’accès)
Public : développeurs confirmés et débutants

Programme

13h30 Accueil

- Présentation du réseau ProDev support

- Logiciel de Réalité Virtuelle ICE. Cédric Goulon, Institut des Sciences du Mouvement Etienne-Jules Marey support
Résumé : Le contenu de cette présentation concerne le logiciel de Réalité Virtuelle ICE que je développe depuis 2001 au sein du laboratoire ISM (Institut des Sciences du Mouvement) à Luminy, Marseille. Ce logiciel a été spécifiquement développé au contact des chercheurs du laboratoire de manière à leur proposer un outil simple et intuitif leur permettant de créer des environnements 2D/3D avec ou sans son pour immerger des sujets dans des environnements divers, de manière à étudier leurs comportements. Il dispose de tous les outils nécessaires pour créer ces environnements mais également pour préparer les protocoles expérimentaux nécessaires (ou plan d'expérience) pour les différentes études (quels scenario jouer, dans quel ordre, combien de temps, répétés, valider/invalider des essais …) Il était nécessaire de créer un tel logiciel car aucun logiciel du marché ne répond aux besoins des chercheurs (réactivité, temps réel, sauvegardes de données comportementales, préparation du protocole expérimental …).

- Développement en bioinformatique : de la biocuration de texte aux atlas anatomiques en 3D. David Salgado, Equipe Bioinformatique UMR_S910 / Monash University (Australie) support
Résumé : Un des objectifs de la bioinformatique est la simplification de l'accès aux données produites par différents groupes de recherche en biologie.

Durant cette présentation, je décris, le MyMiner, un système bioinformatique dont le but est de simplifier les étapes de biocuration. Ce système facilite les étapes d'extraction d'informations à partir de données bibliographiques, notamment la classification de documents, l'identification et l'attribution d'identifiants de bases de données aux termes mentionnés dans des ensembles de documents.

Dans un second temps, je présente un système générique permettant la création d'atlas anatomiques en 3D, facilitant ainsi la visualisation et l'identification de parties anatomiques pour différentes espèces à différents stades de développement. Deux atlas anatomiques en 3D, pour le poisson zèbre (ZFAP) et la caille (QAP) sont publiquement disponibles et sont basés sur ce système, permettant ainsi la visualisation d'embryons en 3D pendant leur développement.

- Glnemo2, un outil de visualisation 3D pour les simulations astrophysiques. Jean-Charles Lambert, Laboratoire d'Astrophysique de Marseille (LAM) support
Résumé : Glnemo2 est un outils de visualisation 3D interactif permettant l'affichage des résultats des simulations astrophysiques. Il est simple d'utilisation, il supporte de nombreux formats de fichiers issus des simulations n-corps. Il dispose d'un moteur de rendu 3D performant qui utilise la puissance de la carte graphique permettant l'affichage de plusieurs millions de particules en temps réel. Il est développé en c++, il utilise l'API Qt5 et la librairie OpenGL, ce qui est fait une application multi-plateforme et Open source.

Pause (café, thé, jus d’orange)

- Plateforme de recherche reproductible. Denis Arrivault, Laboratoire d’Informatique Fondamentale (LIF) support
Résumé : La cellule de développement logicielle du labex Archimède s'est lancé dans un projet de mise en place d'une plateforme de recherche reproductible à l'attention de ses chercheurs. Cet exposé présente les réflexions et l'état des développements effectués principalement par Thibaut Surier lors d'un stage de fin d'étude. La démarche adoptée, basée sur une interaction directe avec les utilisateurs, a le mérite de mettre en évidence les attentes et les défis à relever pour parvenir à mettre en place un outil utile et fonctionnel pour les chercheurs.

- ANIS : AstroNomical Information System, un outil pour faciliter et homogénéiser la mise en place de Systèmes d’Information web astronomiques. François Agneray & Chrystel Moreau, Laboratoire d’Astrophysique de Marseille (LAM) support
Résumé : ANIS (AstroNomical Information System), développé par le Centre de Donnes Astrophysique de Marseille (CESAM), est un outil web générique visant à faciliter et homogénéiser la mise en œuvre de systèmes d’information permettant la mise à disposition de données astronomiques. ANIS fournit des services comme : la recherche, l'extraction et l'affichage de données, spectres et images en utilisant soit une combinaison de critères, soit une liste d'objets, soit un module de requête SQL. ANIS permet aussi de télécharger les catalogues de résultat et des ensembles de données complets.

- Formations 2015

- Discussions et échanges


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